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Fallbeispiel:

Der 62-jährige Arzt A betreibt seit 30 Jahren eine Arztpraxis. Der junge Arzt B, der seit zwei Jahren im städtischen Krankenhaus beschäftigt ist, und die angehende Ärztin C, die voraussichtlich in einem Jahr ihre Approbation erhält, wollen zukünftig die Praxis von A gemeinsam fortführen.
A will durch eine überleitende Tätigkeit in der Praxis sicherstellen, dass der Patientenstamm auf seine Nachfolger übergeht und der Praxiswert erhalten bleibt. Der Wert der Arztpraxis bzw. der Kaufpreis, den B und C für die Übernahme der Praxis an A zahlen werden, beträgt 200.000 Euro, die Summe der Buchwerte der Wirtschaftsgüter beläuft sich auf 50.000 Euro.

In unserem Beispiel ergibt sich ein Veräußerungsgewinn in Höhe von 150.000 Euro (Veräußerungspreis 200.000 Euro abzüglich Buchwert 50.000 Euro).

Die Arztpraxis sollte von B und C erst dann übernommen werden, wenn auch C die Approbation erlangt hat. Andernfalls werden auch hier gewerbliche Einkünfte unterstellt. Ist nämlich ein Berufsfremder an einer freiberuflichen Praxis beteiligt, wird die gesamte Tätigkeit der Praxis als gewerblich angesehen und unterliegt der Gewerbesteuer.

Die beiden jungen Ärzte haben für ihre Praxis Anschaffungskosten in Höhe von 200.000 Euro. Der die Buchwerte übersteigende Betrag von 150.000 Euro wurde für den ideellen Praxiswert, den "good will", gezahlt. Da sich der Kundenstamm einer freiberuflichen Praxis rascher verflüchtigt als der Geschäftswert einer gewerblichen Unternehmung, stimmt die Finanzverwaltung bei einer Sozietät einer Abschreibung des bezahlten Praxiswertes über sechs bis zehn Jahre zu. Bei einer Einzelpraxis gilt ein Zeitraum von drei bis fünf Jahren.

Die Aufnahme eines oder mehrerer neuer Ärzte in die bisherige Praxis stellt steuerrechtlich die Einbringung einer Einzelpraxis in eine Personengesellschaft dar. Auch wenn der Gewinn der Arztpraxis stets durch Einnahmen-Überschussrechnung nach § 4 Abs. 3 EStG ermittelt wurde, ist auf den Zeitpunkt der Aufnahme der neuen Partner zur Gewinnermittlung nach Bestandsvergleich überzugehen und eine Bilanz zu erstellen. Nach erfolgter Einbringung kann in der Regel wieder zur Überschussrechnung übergegangen werden.